横屿之战的真正意义在于杀鸡给猴看，此战之后，福建各地倭寇皆闻风丧胆，再也不敢嚣张放肆，戚继光趁胜追击，先后在杞店、牛田、林墩大破倭寇，先后歼敌五千余人，形势一片大好。
但这时麻烦来了，虽然胡宗宪总领东南，但福建并不是他的属地，戚继光只是被暂借而已，时候一到还要回去报到。
有这么好的外援，福建巡抚自然舍不得放走，而且此时正是打击倭寇的最好时机，如果撤回浙江，必将前功尽弃。
于是戚继光决定向胡宗宪上书，要求延长租借期，他信誓旦旦地对福建监军汪道昆表示，胡宗宪是一个通情达理，顾全大局的人，如无意外，事情绝无问题。
但意外偏偏发生了，因为他的这封上书，胡宗宪根本就没有看到。
嘉靖四十一年（1562）十一月，胡宗宪被削去官职，逮捕入京。