与杨过交手后，太上老君的魂魄飘飘悠悠地上了南天门，进到上清宫找顶头上司元始天尊。元始天尊见了太上老君这副模样，也是大吃一惊。待问明原由，叹道：“当初本尊也曾为此剑所伤，修为几乎丧尽，与你现今是一般模样。怪不得啊。”太上老君问：“这又是何人所为？”元始天尊说：“就是那个轩辕贼子。”太上老君说：“黄帝？”元始天尊并不正面回答，停了一下又说：“不讲了，还是处理当前的事要紧。这次就由本尊亲自出马，去擒杀那个姓杨的小贼。至于你，还是尽快闭关重修吧。堂堂天宫上人被宵小所废，传扬出去，真是有损颜面。若是不修回些模样，你就不要出来见人了。”太上老君听命，回到自己的中清宫去了。元始天尊立即出去召集天兵天将、门下大仙，准备一起下界去擒杀杨过，以解心头之恨。
元始天尊领着众兵将、诸仙家在南天门前集中，差不多后，正准备一起下界去杀杨过。突然外边远处又飞来一人，盯睛瞧了，猛得一惊，竟然是大仇人黄帝。想那黄帝远去天外已久，不知为何，竟又孤身回来了。以前碍着女娲、伏羲尚在，无法暗算黄帝报仇。这次机缘巧合，他又回来送命，岂有不杀之理。
黄帝同令狐冲一样，都是收到了消息，特地跑回地球一趟，确认事实。因为曾在天宫住过一段时日，于是想故地重游。赶巧撞上了元始天尊召集人马这桩事。此时的黄帝也已修出奇点形态，全身的能量精华凝聚在一个极小的点中。所谓的身体不过是随时可以制造出来的外在形象。而自己的奇点则在身体内部不停流动。黄帝发现这么多仙家聚拢在南天门，就现身相见。而元始天尊根本没法看出黄帝修为的深浅，还以为他同三千多年前差不多。想来凭着己方人多势众，围杀他是轻而易举。
元始天尊冲着越来越近的黄帝大喝道：“小贼，没想到你竟会回来送死。本尊今日就成全你。”
黄帝微皱了下眉头说：“盘古，事情都过去这么久了。有必要纠缠不清吗？当年你可是在女娲娘娘面前保证过，既往不咎，仇怨两消的。”
元始天尊说：“女娲不过是个蠢货，到头来，还不是被本尊给赶走了。当初迫于形势，才不找你寻仇。如今你自投罗网，真是死有余辜。”
黄帝说：“盘古，有些话我不得不提醒你。当年我们可是一对一的正面决斗。你自己技不如人，败给了我，有什么理由向我寻仇。”
元始天尊说：“当年本尊一时大意，才会败给你这种宵小。现今收拾你，是易于反掌。看你死到临头，也不怕告诉你实话。当初那些谣言都是我放出来的。女娲那婆娘上当了，容不得你。所以你也只能灰溜溜地，夹着尾巴走了。”
黄帝眼睛一亮说：“你的意思是说，‘天外神石，得为大帝’这句话，还有那些说我准备谋反，对付女娲的谣言，都与你有关了。”
元始天尊说：“正是本尊放出来的。目的是挑拨你两方的关系。可惜女娲一直心慈手软、犹豫不决，使得你能够安然脱身。否则，你还能活得到今天。”
黄帝说：“这样看来，你我之间的旧帐还真得算算。”
元始天尊说：“正有此意。”然后扭头又对身后的部下说：“给本尊一起上，将此獠给诛了。”
元始天尊话音刚落，突得炸开了，变成了一团碎烟残雾。身后众仙被惊得震在当场，谁都不敢乱动。只因并未看清黄帝是如何动手杀人的。从头到尾，黄帝都好象并没有出手。
原来黄帝微弹小指，击出一个无色透明的超光速能量小球，将元始天尊整个地吸收进小球中心压缩，然后爆开，使他形神俱灭。出手利索，拿捏准确。要知道以黄帝目前的修为，随手一击就可以毁灭整个地球。仅仅毁灭一个元始天尊，不能不说用力于微、收放自如了。
元始天尊与黄帝修为差距极大。黄帝击出的小球超越光速，元始天尊根本没有察觉，就被击中了。能不死得快吗？
待得黄帝离远了，在场的众仙才回过神来。一时间哭爹找娘，好不慌乱。许久之后，才恢复过来。因为事出重大，想到请如来佛祖，过来收拾残局兼对付杨过。